Der Grundwasserträger im Rheintal, von dem die Trinkwasserversorgung von mehr als der halben Bevölkerung der Region abhängt, ist wesentlich von der Wechselwirkung mit dem Alpenrhein geprägt. Infiltrationen und Exfiltrationen wechseln sich ab, je nachdem, ob sich der Talquerschnitt erweitert oder verengt. Die Sohleintiefung seit 1950 hat vor allem in Liechtenstein und unterhalb der Ill die ursprünglich bedeutende Infiltration von Rheinwasser wesentlich verringert. Die Qualität des Grundwassers hat abgenommen, der Sauerstoffgehalt ist gesunken, das Wasser ist härter geworden und der Nitratgehalt ist angestiegen. Die ökologisch wertvollen Begleitgewässer (Giessen) sind ganzjährig oder zeitweise trockengefallen, teilweise werden sie deshalb künstlich bewässert. Wertvolle Feuchtgebiete wie etwa das Matschelserried haben ihre Charakteristik durch absinkende Grundwasserspiegel negativ geändert.